В целом, побочные эффекты кето-диеты встречаются значительно реже осложнений, возникающих при использовании  фармакологических противосудорожных препаратов.

Чаще всего, побочные эффекты проявляются проблемами с пищеварением, которые корректируются симптоматически или изменением количества жира. Пациенты нередко отмечают повышенную утомляемостьв течение первых 2 недель (из-за обменной перестройки), педагогические и психологические проблемы, увеличение или, наоборот, потерю веса, лабораторно может выявляться гиперхолестеринемия, нарушение тромбоцитообразования (склонность к кровотечением из-за тромбоцитопении), гипокальциемия, так же не исключены нарушение сердечного ритма (увеличение интервала QT) и камнеобразование в почках. Крайне редко встречаются такие нарушения обмена веществ, как нарушения кетолиза и кетогенеза, нарушения преобразования жиров, синдром карнитиновой недостаточности.  Все вышеописанные осложнения чаще всего возникают внезапно в первые дни введения кето-диеты  и могут привести к жизненноопасным состояниям декомпенсации, именно поэтому необходимы тщательная пред-диагностика и высококвалифицированный стационарный контроль в данный период!